Менеджер журнала имеет возможность создавать разделы в рамках своего журнала ("Управление журналом. Разделы журнала"). Типичный журнал может включать такие разделы, как "Статьи", "Обзоры книг", "Клинические исследование", "Комментарии", "Письмо редактора" и пр. Если политикой журнала предусмотрены редакторы разделов, менеджер журнала назначает редакторов разделов, которые следят за работой со статьями в своих разделах. (Редактор назначает статьи из очереди Неназначенные одному из редакторов разделов как часть редакционного процесса).
Разделы могут быть представлены в различном оформлении. Оглавление, которое редактор создает для каждого нового выпуска, включает разделы. Если какой-либо из разделов не содержит статей в текущем выпуске, он не появится в содержании.
Создание политики раздела. Настраивая раздел, менеджер журнала должен ввести краткое сообщение о политике для раздела, которое становится доступным авторам и читателям на странице "О журнале" в разделе "Политика разделов". Сообщение должно содержать информацию об охвате раздела и принимаемых статьях. Оно должно содержать информацию о способе рецензирования и индексирования статей раздела, о том, открыт раздел для всех либо только для редакторов, о желаемом объеме статьи и пр.
Настройка формы рецензирования. Менеджер журнала может настроить форму рецензирования, которая возникает в наборе текстовых окон, заполняемых в свободной форме. Форма, выбранная в этом месте, становится формой по умолчанию, но редакторы по необходимости имеют возможность при выборе рецензента перезаписать эту форму.
Индексирование содержимого раздела. Элементы раздела должны быть проиндексированы, если они цитируются в других журналах (это не касается, например, разделов, посвященных объявлениям о конференциях или уведомлениями о вакансиях). Решение об индексировании раздела позволит авторам ввести соответствующие метаданные для индексирования. Метаданные будут станут доступны для поисковых систем, поддерживающих Open Archives Initiative Metadata Harvesting Protocol и другим средствам индексирования после публикации выпуска. Для проиндексированных элементов разделов становятся доступными опция поиска по автору, а также расширенные инструменты чтения, настроенные менеджером журнала.
Разрешение или запрет аннотаций. В некоторых разделах, например, "Обзоры книг", не требуются аннотации. Менеджер журнала имеет возможность отключить аннотации для подобных разделов. В этом случае они не запрашиваются на этапе подачи статьи и не отображаются в содержании выпуска.
Назначение типа статьи. Предлагая статью читателям или системам индексирования (например, OAI), следует определить ее тип. Например, статья может быть предварительно отрецензированной, нерецензируемой, заказной и т.д.
Ограничение к содержимому раздела. Чек-бокс ограничения к содержимому раздела следует выбирать в случае, если раздел закрыт для непосредственной подачи статьи автором (это могут быть разделы "Обращение редактора", "Интервью" и пр.) Статьи в ограниченный раздел поступают от редакторов либо являются заказными. В эти разделы могут подавать статьи только авторы, которые зарегистрированы и как редакторы либо редакторы разделов.
Скрытие названия раздела в оглавлении. Может возникнуть необходимость сгруппировать статьи в некий раздел с целью облегчения работы со статьями, но при этом не показывать название раздела в оглавлении.
О разделе. Вам может потребоваться удалить информацию о разделе на странице "О журнале". Это полезно в случаях, если содержимое раздела обновляется очень редко либо если раздел организован для сообщений об ошибках.